A FAPERGS foi criada em 1964 com a finalidade de ser uma agência de fomento ao desenvolvimento científico e tecnológico do Rio Grande do Sul, de acordo com as políticas fixadas para o setor. Vinculada à Secretaria de Estado da Ciência, Inovação e Desenvolvimento Tecnológico, é mantida por recursos do Tesouro do Estado, conforme lei 9.103 de agosto de 1990, e provenientes de convênios ou de parcerias.